ศูนย์ศึกษาประวัติศาสตร์อยุธยา ได้ก่อตั้งขึึ้นเมื่อวันที่ 26 กันยายน 2530 ช่วยเหลือแบบให้เปล่าจากรัฐบาลญี่ปุ่น เพื่อเป็นการเฉลิมพระเกียรติเนื่องในพระราชวโรกาสที่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวทรงเจริญพระชนมพรรษาครบ 60 พรรษา และเพื่อเป็นที่ระลึกในโอกาสที่มิตรภาพระหว่างประเทศญี่ปุ่นกับราชอาณาจักรไทยยืนยาวมาครบ 100 ปี

​

   ศูนย์ศึกษาประวัติศาสตร์อยุธยาเป็นอาคาร 2 ชั้น มีห้องจัดแสดงพิพิธภัณฑ์อยู่ชั้นบน จัดแสดงพัฒนาการของกรุงศรีอยุธยานับแต่อดีตกระทั่งปัจจุบัน โดยสรุปให้เห็นสถานะสำคัญของอยุธยาด้านต่าง ๆ นำเสนอด้วยรูปแบบที่ทันสมัย ให้ทั้งความรู้และความเพลิดเพลิน นับเป็นศูนย์กลางการเรียนรู้ประวัติศาสตร์ของอยุธยาและของสยามได้ครบถ้วนและเห็นภาพชัดเจนที่สุดแห่งหนึ่ง